La idea de la creación de este espacio académico surge en reuniones anteriores de decanos y directores de facultades de Arquitectura de universidades nacionales pertenecientes a los países socios del MERCOSUR, siendo la ciudad de Salto, Uruguay, en la sede de UDELAR, donde definitivamente se resuelve realizar el primer encuentro ARQUISUR en la Facultad de Arquitectura y Urbanismo de la Universidad Nacional de Mar del Plata.

Firmaron en esa primera reunión el Acta Fundacional fechada en Mar del Plata, el 29 de octubre de 1992, sólo países miembros del Mercosur;  por Argentina: Facultad de Arquitectura, Diseño y Urbanismo de la Universidad de Buenos Aires, La Facultad de Arquitectura y Urbanismo de la Universidad Nacional de Mar del Plata, la Facultad de Arquitectura y Urbanismo de la Universidad Nacional de San Juan, la Facultad de Arquitectura y Urbanismo de la Universidad Nacional de La Plata, la Facultad de Arquitectura y Urbanismo de la Universidad Nacional del Nordeste, la Facultad de Arquitectura Planeamiento y Diseño de la Universidad Nacional de Rosario, la Facultad de Arquitectura y Urbanismo de la Universidad Nacional del Litoral, la Facultad de Arquitectura y Urbanismo de la Universidad Nacional de Tucumán, y la Facultad de Arquitectura y Urbanismo de la Universidad Nacional de Córdoba; por Brasil: Faculdade de Arquitetura da Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Faculdade de Arquitectura e Urbanismo do Departamento de Arquitetura da Universidade Federal de Santa Catarina; por Paraguay: Facultad de Arquitectura de la Universidad Nacional de Asunción; y de Uruguay: la Facultad de Arquitectura de la Universidad de la República.

En este encuentro fue electo como primer presidente de ARQUISUR el decano de la facultad de arquitectura de la Universidad de la Republica, Arq. Carlos (Tito) Acuña y como secretario permanente el Arq. Aroztegui, de la misma unidad académica.

Posteriormente y con el paulatino crecimiento de la Asociación se incorporaron Facultades y Escuelas de los países asociados Bolivia y Chile.

Desde su origen se dió un Estatuto, se organizó con un Consejo de Decanos/ Directores de Escuelas, que es el máximo órgano de gobierno. Éste elige a su presidente entre sus miembros cada dos años con la posibilidad de una sola reelección.

Acompañando al presidente, se constituye una Secretaría Ejecutiva, que en el origen tenía carácter de permanente y fijaba dirección en la sede de la UdeLaR.

Dificultades de orden económico y financiero es que a partir de 2014, la misma estaría bajo la responsabilidad de la unidad académica del Presidente.

Además desde sus comienzos, como espacios para el debate de proyectos, iniciativas, o acciones alrededor de las actividades sustantivas de las Universidades Públicas se constituyeron tres Grupos Permanentes, uno relacionado a la Enseñanza, el Grupo de Integración Curricular ( GPIC), el de Extensión Universitaria ( GPE) y el de Investigación y posgrado ( GPIyP). Estos grupos están integrados por representantes de cada Facultad que entienden en esas temáticas y entre ellos eligen un miembro Coordinador y un miembro Alterno.

Como forma de fortalecer el intercambio entre las diversas comunidades académicas se generaron los denominados Encuentros Arquisur, donde se brinda la oportunidad para la sesión tanto de los órganos propios, como para la realización de Conferencias, Talleres de Ideas, muestras de trabajos, eventos culturales y artísticos, etc. Hasta 2002, se celebraban dos al año. Desde ese momento tradicionalmente se celebra en otoño un Pre Encuentro y en primavera un Encuentro.

Desde 1997 dentro del Encuentro y de forma paralela sesiona el Congreso Arquisur, donde a partir de temas que proponen las propias sedes, en distintas sesiones, mesas y conferencias se da lugar a un fecundo encuentro de las distintas comunidades de docentes investigadores y de su producción científica.

También en un comienzo y como forma de incentivar la participación de los estudiantes se instauró premio a los mejores trabajos de los distintos Talleres de Proyecto. El Premio lleva el nombre de Aroztegui en conmemoración a aquel primer Secretario Permanente de ARQUISUR.

Posteriormente, y promoviendo un mayor involucramiento de docentes y otros estudiantes se instauraron en 2006, los Premios a la Investigación y a la Extensión y vinculación con el medio.

En el año 2010 y con el objetivo de resolver la carencia de publicaciones científicas dedicadas a la Arquitectura y Urbanismo, y luego de un importante proceso para su concreción, se publicó con sede editorial en la UNL y con la impresión a costo de la USP, el número “0” de la Revista Arquisur. Debido a la enorme dificultad logística para su distribución, se pasó al formato electrónico. Tanto por la calidad de sus Comités Editorial y Científico, su Dirección y contenidos, su continuidad y sus indexaciones, hoy constituye uno de los logros más visibles de la Asociación.

Desde el año 2013, y por una iniciativa surgida en UBA, funciona el Taller Virtual en Red, donde cientos de estudiantes y docentes de asignaturas de proyecto desarrollan trabajos intercambiando sitios, equipos y diversas temáticas.

Está conformada por instituciones de Argentina, Bolivia, Brasil, Chile, Paraguay y Uruguay. La Asociación fija como estructura de toma de decisiones el Consejo de Decanos, el cual designa una Presidencia rotativa del mismo y una Secretaría Ejecutiva con sede en la Unidad Académica de la Presidencia.

En 2023, y como forma de incentivar un mayor intercambio y movilidades entre los docentes pertenecientes a las UUAA miembros de la Asociación se instauró el Programa de Movilidad Docente Arquisur, que consiste en el otorgamiento de un subsidio económico destinado a cubrir gastos de movilidad e intercambio docente.

Los idiomas oficiales de Arquisur son el castellano y el portugués.